1756/57 wurde eine neue Orgel mit 12 Registern von Johann Stephan Heeren (1729-1804), dem bedeutendsten Vertreter einer in Gottsbüren ansässigen Orgelbauerdynastie (später Orgelbau Euler, Hofgeismar), erbaut. 1787 wurde die Orgel von ihm um 5 Register erweitert. Die Orgel in Zierenberg war laut Werkliste sein erstes Werk.

Typisch für Heerens Bauweise sind die kleinen Spitztürme, die den größeren Mittelturm unmittelbar flankieren. In der Zierenberger Stadtkirche gestaltete Heeren statt der sonst üblichen mittleren Flachfelder kleine seitliche Pfeifenfelder, die zu den Pedaltürmen überleiten. Der barocke Orgelprospekt ist erhalten. Im Verlauf der Zeit wurde die Orgel mehrfach umgebaut und auf 24 Register erweitert. Heute besitzt das Instrument mit mechanischer Traktur mehr als 1.500 klingende Holz- und Metallpfeifen.